Otros problemas de bioinformática sobre proteínas

Otros problemas sobre proteínas en el marco de la bioinformática, diferentes a la predicción de la estructura, de actual relevancia son los que enumero a continuación. Digo que son de actual relevancia ya que estoy estudiando las publicaciones de la revista Bioinformatics (factor de impacto de 4.926 a febrero de 2011) en orden cronológico desde la más reciente.

• Domain protein prediction
• Se predice la ubicación de los dominios dentro de las proteínas
• Similarity measures among protein structures
• Se proponen mejoras o nuevas medidas para comparar estructuras de proteínas
• Quality assessment of proteins
• Se proponen mejoras o nuevas medidas para evaluar la calidad de un modelo 3D de una proteína. Es un tema (topic) muy recurrente. Por ejemplo para proteínas de membrana, puede ver este artículo publicado en Octubre de 2010: Model quality assessment for membrane proteins 
• Identification of ligand binding sites (protein docking)
• Se predice el lugar de una proteína donde ésta interacciona con un ligando
• Prediction of protein interaction networks
• Se predice los lugares de interacción entre proteínas dentro del interactoma de las mismas
• Prediction of protein structure families (protein structure classification) (protein classification)
• Se predice a qué familia estructural pertenece una proteína de estructura conocida pero no "catalogada". Se suelen utilizar las familias estructurales de SCOP y los métodos suelen basarse en alineamientos estructurales entre proteínas. Una de las medidas de evaluación más utilizadas es Q (standard percentage accuracy de Rost and Sander, 1993 y Baldi et al. 2000). Se define como el porcentaje de proteínas bien clasificadas con respecto al total de proteínas (se puede calcular para cada grupo estructural o globalmente).
• Prediction and annotation of protein function
• Las funciones de una proteína vienen determinadas por la estructura de la misma. Existen bases de datos de anotaciones funcionales, como Gene Ontology. La predicción funcional de una proteína consiste en asignar anotaciones o etiquetas funcionales a la proteína o a parte de la misma, conociendo únicamente su estructura.