Simulación del plegamiento de proteínas

La predicción de estructuras de proteínas es un problema realmente complejo, debido a que la estructura de una proteína se conforma en el espacio mediante un proceso dinámico que ocurre durante un período de tiempo.

Últimamente estoy pensando en atacar este problema mediante la simulación de un sistema dinámico formado por partículas y leyes físico-químicas que regulan su atracción o repulsión, para modelar el plegamiento de una proteína.

Como procede al inicio de cualquier estudio, es necesario revisar todos los progresos ya realizados por otros investigadores en esta línea. Por ello, escribo nuevamente en mi blog para indicar los documentos o software que he estado analizando.

Artículo sobre la simulación del plegamiento de proteínas

Mejora de la eficiencia en la simulación de proteínas

protSim: Software de simulación de proteínas

Amplia documentación sobre simulación de proteínas y predicción de estructuras del grupo de Biología Estructural Computacional de la Universidad de Stanford y un video de Michael Lewitt

Molecular Dynamics Simulation of Protein Folding with Supersecondary Structure Constraints