Tipos de predicción de estructura de proteínas

Podríamos clasificar los métodos de predicción por tipo de información obtenida. De este modo, tendríamos métodos:

• 1D: El resultado de la predicción es un vector. Se predice la estructura secundaria de la proteína. Hay diferentes formas de obtenerla. Por ejemplo, se predicen los valores que toman los ángulos dihédricos en ciertos tipos de motivos estructurales (alfa-helix, beta-sheet y random-coils). También se predicen Shape Strings con diferentes números de estados (como 8-shape strings). Se utilizan también los estados DSSP. Por ejemplo, este artículo propone un método 1D.
• 2D: El resultado de la predicción es una matriz. Se predice la estructura terciaria/cuaternaria de la proteína. Se predice un mapa de contactos o un mapa de distancias entre todos los aminoácidos de una cadena. Por ejemplo, este artículo predice un mapa de distancias :-)
• 3D: El resultado de la predicción es una matriz o tabla de tres dimensiones. Se predice la estructura terciaria/cuaternaria de la proteína. Se determinan las posiciones en el espacio de los aminoácidos de una cadena. Se devuelve un modelo 3D directamente representable in silico.

En resumidas cuentas, se puede predecir la estructura secundaria de una proteína o bien su estructura terciaria/cuaternaria. Los métodos 1D predicen la secundaria, mientras que los métodos 2D/3D predicen la terciaria/cuaternaria.